Padronização de protocolos e de extração de DNA total para o gênero marcetia DC. (Melastomataceae)

Abstract

A etapa de extração de DNA é fundamental nos estudos moleculares. A obtenção e DNA de qualidade pode garantir o sucesso em todas etapas do trabalho, do mesmo modo, DNA de baixa qualidade ou em baixa quantidade pode inviabilizar as etapas seguintes. Para plantas, os protocolos mais usuais na extração e DNA são baseadas no uso o detergente CTAB no tampão de extração. No entanto, de acordo com os diferentes grupos vegetais adaptações ou mudanças nos protocolos são necessárias para otimizar o resultado. Este trabalho teve o objetivo de testar diferentes ensaios com mudanças que podem interferir na qualidade e quantidade de DNA extraído, tais como diferenças no peso da amostra (25 ou 50 mg), a utilização ou não de β-Mercaptoetanol e uma ou duas lavagens com clorofórmio-álcool isoamílico. O gênero alvo desse trabalho foi Marcetia DC. o qual já sabe ter uma série de espécies que contêm compostos secundários e portanto dificuldades na extração de DNA. Adicionalmente foram incluídas espécies de outros gêneros para a comparação. A análise foi feita comparando os resultados visualizados em gel de agarose a 1% e espectrofotômetro Nanodrop. A eficiência de extração não foi uniforme para todas as espécies e apesar de se observar uma facilidade em conseguir extrair DNA, este nem sempre apresentou boa qualidade. Os melhores resultados foram obtidos quando se utilizou 50mg de material seco, sem uso de β-Mercaptoetanol e com apenas uma lavagem de clorofórmio.

The extraction of DNA is an important step in molecular studies. The high quality DNA extraction can guarantee success in every step in the study, in the same way, low quality DNA or in low amounts can stop every following step. For plants, the usual protocols for extraction are based in one that uses the CTAB detergent as an extraction buffer. However according to the different plant groups adaptions or modifications in the protocols may be necessary for the optimization of the result. This paper had the objective of testing different essays with modification that can alter the quality and quantity of the extracted DNA, it was tested the different dry weight of the sample (25mg or 50mg), the use of β-mercaptoethanol and either one or two washing phases with chloroform: isoamyl alcohol. The target genus of this study was Marcetia DC. This genus is known to have a series of species that contain secondary compounds and so difficulties in the DNA extraction, besides Marcetia species of other genus were added for comparison. The data analysis was made by comparing the results in the agarose gel at 1% and the spectrophotometer Nanodrop. The extraction efficiency was not uniform for all species although it was observed that while extracting DNA was relatively easy the quality was not always high. The best results were the ones that used 50mg of dry matter, without the use of β-mercaptoethanol and with only one washing phase with chloroform:isoamyl alcohol.